Universitas Muhammadiyah Surabaya (UM Surabaya) dalam rencana pengembangannya ingin meningkatkan mutu pelayanan kesehatan untuk bangsa melalui penyelenggaraan atau pembukaan Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Surabaya oleh Tim Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran (Tim PPFK) yang diketuai oleh dr. M. Jusuf Wibisono, Sp.P(K), FCCP dengan anggota dr. Muhammad Hamdan, Sp.S(K); dr. Agus Moch. Algozi, Sp.F(K), SH, DFM; Dr. dr. Hartono Kahar, Sp.PK, M.QIH; dr. Choesnan Effendi, AIF., AIFO.
Tim Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran (Tim PPFK) UM Surabaya tersebut dibentuk dan dikukuhkan oleh Rektor UM Surabaya Dr. dr. Sukadiono, M.M pada tanggal 13 November 2013. Dalam proses pendirian Fakultas Kedokteran UM Surabaya telah dilaksanakan seminar menyongsong pembukaan Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Surabaya tanggal 11 Maret 2014, yang didukung oleh Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga sebagai pengampu berdasarkan perjanjian kerjasama (MoU) No.130/UN3.1.1/KS/2014 dan Nomor: 244/MoU/II.3.AU/F/2014 yang didahului dengan Nota Kesepahaman Nomor: 3/UN3/DN/2013 dan Nomor: 071/MoU/II.3.AU/F/2014 antara Universitas Airlangga dengan Universitas Muhammadiyah Surabaya tanggal 4 Februari 2014.
Dengan berkat rahmat Allah SWT, maka pada tanggal 28 Maret 2016, pendirian Fakultas Kedokteran telah mendapatkan izin dari Kemenristekdikti.